Johannes Wachtelaer was in 1581 in Utrecht geboren. Hij studeerde in Leuven en kwam als priester terug naar Utrecht.
Na de Reformatie waren er nog veel katholieken in Utrecht. Wachtelaer werd één van de eerste pastoors van de Sint Gertrudis statie, een schuilkerk voor katholieke gelovigen van de Geertekerk in Utrecht. Schuilkerken waren kerken die van buiten niet te herkennen waren als kerk. In deze tijd was het namelijk streng verboden om katholieke diensten te houden. Johannes Wachtelaer gebruikte dan ook een schuilnaam: J. De Brevoort.
In 1623 kocht hij van het kapittel een huis dat voorheen gebruikt was voor de opleiding van koorzangers en in 1634 kocht hij een nog een huis van het kapittel. Dit huis was de oorsprong van de Utrechtse schuilkerk Sint Gertrudis in de hoek.
In de jaren 1639-1640 spande het Hof van Utrecht een proces tegen Johannes Wachtelaer aan. Hij moest verschijnen met apostolisch vicaris Philippus Rovenius, maar zij kwamen uiteindelijk niet opdagen. Johannes Wachtelaer werd verbannen. Na zijn verbanning woonde hij eerst in Amersfoort, later in Culemborg. Hier overleed hij in 1653.
