Jan van Scorel werd op 1 augustus 1495 geboren als de zoon van Andries Ouckeyn, de dorpspastoor van Schoorl in Noord-Holland. Een onwettig kind dus, want pastoors mochten niet trouwen. Jan bezocht de Latijnse school in Alkmaar en ging in de leer bij de schilder Cornelis Willemsz in Haarlem. Daarna werkte hij een tijd als assistent van de schilder Jacob Cornelisz van Oostsanen in Amsterdam. Mogelijk heeft hij ook nog in Utrecht bij de schilder Jan Gossaert gewerkt. In 1518 vertrok Jan van Scorel uit Nederland. Hij reisde naar Neurenberg, waar hij de schilder Albrecht Durer ontmoette. Via Oostenrijk reisde hij naar Venetië, waar in die tijd de schilders Titiaan en Giorgione werkten. Vandaar ging hij over zee naar Palestina, waar hij Bethlehem en Jerusalem bezocht.
In 1522 benoemde paus Adrianus VI hem tot conservator van de pauselijke kunstcollecties. Zo had hij ook de kans om antieke beeldhouwkunst en het werk van Italiaanse kunstenaars als Michelangelo en Rafael te leren kennen. In deze tijd schilderde hij twee portretten van de paus. Paus Adrianus stierf al in 1523 en Jan van Scorel keerde terug naar Utrecht. Hij kreeg daar al snel opdrachten en werd in 1528 benoemd tot kanunnik van de Mariakerk in Utrecht. Vanwege de politieke onrust vertrok hij in 1527 naar Haarlem, maar hij kwam al snel weer terug en zette in Utrecht een atelier met leerlingen op. Voor domdeken Herman van Lochorst schilderde hij een triptiek dat oorspronkelijk in de Dom stond maar tegenwoordig in het Centraal Museum.
Jan van Scorel schilderde veel portretten, onder andere van bisschop George van Egmond en van Reinoud III van Brederode, burggraaf van Utrecht en raadsheer van Karel V. Het stadsbestuur van Utrecht gaf hem opdrachten voor de decoratie en de organisatie van de intochten van keizer Karel V in 1540 en Filips II in 1549. Hoewel hij als kunstschilder in Utrecht lid moest zijn van een gilde, weigerde hij dat vanwege zijn functie als kanunnik. In Utrecht leefde hij samen met zijn huishoudster, Agatha van Schoonhoven. Zij kregen vier zonen en twee dochters.
Jan van Scorel stierf in Utrecht in 1562 en hij werd begraven in de Mariakerk. De schilder Antonie Mor, die een leerling van hem was geweest, schilderde een portret voor zijn praalgraf in de kerk.
