Op 10 augustus 1566 brak na een prediking in het Westvlaamse Steenvoorde de eerste Beeldenstorm uit. Voor veel protestanten was dit de aanleiding om ook op andere plaatsen de katholieke kerken te zuiveren van beelden en andere voorwerpen van de katholieke eredienst. Ze wilden de kerken zelf gebruiken voor hun prediking.
Op 23 augustus was er een Beeldenstorm in Amsterdam. In Utrecht was de Geertekerk het eerste slachtoffer. Enkele protestanten vroegen aan het stadsbestuur om de kerken van de dominicanen en de franciscanen te mogen gebruiken. Het stadsbestuur wilde overleggen met de stadhouder en vroeg uitstel. Toen de bevolking dat hoorde, sloeg de vlam in de pan. De eerste kerk die gestormd werd, was de Buurkerk. Daarop volgden de Jacobikerk en de kerken van de dominicanen en de franciscanen. De Domkerk ontsnapte, naar het schijnt doordat de protestantse leider Dirk Cater het volk erop wees dat de kanunniken niet hadden meegewerkt aan het vervolgen van predikanten.
In 1579, na het sluiten van de Unie van Utrecht en de afkondiging van de Utrechtse religievrede, brak er opnieuw een Beeldenstorm uit in Utrecht.
Pas bij de derde Beeldenstorm, op 7 maart 1580, was ook de Domkerk aan de beurt. In de wand de kapel van bisschop Jan van Arkel is een stenen retabel te zien met een voorstelling van Sint Anna te Drieën met heiligen. Bovenin zit God de Vader, onder hem zit Anna en voor haar zit Maria met het kindje Jezus. Ze zijn omgeven door zes heiligen, waaronder Jacobus Maior met op zijn groene mantel schelpen, en Catharina van Alexandrië, herkenbaar aan het gebroken rad. Alle hoofden zijn door de beeldenstormers afgeslagen. Het retabel dateert van ongeveer 1500. Na de beeldenstorm is het lang bedekt geweest onder een laag kalk, maar tijdens de restauratie van de Domkerk in 1919 is het ontdekt en sindsdien weer te zien.
