Hoewel de Republiek een lange periode van bloei had doorgemaakt, kwam daar vanaf de tweede helft van de zeventiende eeuw een einde aan. In 1650 was er na het overlijden van stadhouder Willem II een bestuurscrisis, die leidde tot het Eerste Stadhouderloze Tijdperk. In deze periode raakte de Republiek in veel kleine oorlogen verzeild, die uiteindelijk leidden tot het Rampjaar in 1672. De Republiek werd in dit jaar tegelijkertijd door Frankrijk, Engeland en Duitse staten Münster en Keulen tegelijkertijd binnen gevallen. Er werd nog gepoogd om de opmars van al deze legers te stoppen met de Oude Hollandse Waterlinie, maar dit lukte niet. Tegelijkertijd ontstond er veel protest van de Nederlandse bevolking, die het gevoel hadden te waren verraden door de Nederlandse regering.
Een van de eerste steden die werd veroverd door de Fransen, was Utrecht. Hoe dat ging, kan je zien op deze afbeelding. Markies de Rochefort vroeg aan het Utrechtse stadsbestuur om de sleutels van de stad: hij kreeg deze vrijwel onmiddelijk. Waarschijnlijk waren de Utrechters bang voor plundering of brandstichting. Met de komst van de Fransen, werd Utrecht weer katholiek.
De terugkeer van Willem III
Het overgebleven bestuur van de Republiek had na de dood van Willem II geen nieuwe stadhouder gewild. Ze vonden de stadhouders te machtig en wilden liever zelf bepalen wat er in de Nederlanden gebeurde. De gebroeders De Witt verkregen in deze periode veel macht. De pasgeboren Willem III werd expres buitengesloten, maar met het Rampjaar leek het toch alsof er een nieuwe en machtige stadhouder moest komen. De Nederlandse bevolking had hun onvrede al laten horen over het bestuur van de Republiek en gaven de gebroeders de Witt de schuld van het Rampjaar. Ze eisten de terugkeer van een Oranje als stadhouder. In 1672 was Willem III oud genoeg om de oorlog aan te gaan en wist hij het tij te keren voor de Republiek. Met Johan en Cornelis de Witt liep het niet zo goed af. Zij werden door een woedende menigte vermoord.
Na deze periode werden er plannen gemaakt voor de Nieuwe Hollandse Waterlinie, waardoor Utrecht en het oosten van het land in de toekomst beter beschermd zouden moeten worden.
