In 1639 besloot het stadsbestuur van Utrecht dat op bolwerk Sonnenborg een kruidentuin aangelegd moest worden ten behoeve van het onderwijs aan medicijnenstudenten. De eerste directeur van de tuin was Hendrik de Roy of ‘Henricus Regius’. Hij publiceerde in 1650 de eerste tuincatalogus onder de naam ‘Hortus Academicus Ultraiectensis’. Hij beschreef hierin 678 plantensoorten die in de tuin groeiden.
Op de plattegrond zijn de genummerde bedden op het bolwerk afgebeeld. Vak B is de schaduwtuin in het lage gedeelte van het bolwerk.
In 1723 verhuisde de Hortus naar een groter terrein tussen de Nieuwegracht en de Lange Nieuwstraat. Deze tuin is nu bekend als de ‘Oude Hortus’ en maakt deel uit van het Universiteitsmuseum.