Het Agnietenklooster is gesticht rond 1420 door begijnen uit het Sint Barbaragasthuis aan de Oudegracht. Het was één van de kloosters die voortkwamen een gemeenschap van ‘devote maagden’, vrouwen die zich lieten inspireren door de ‘Moderne Devotie’ en besloten hun leven te wijden aan God. Het Agnietenklooster was gewijd aan de heilige Agnes, een martelares uit de derde eeuw na Christus. In de vijftiende eeuw werden door heel Nederland veel nonnenkloosters aan haar gewijd.
Het Agnietenklooster stond op het Nicolaaskerkhof bij het koor van de Nicolaaskerk. Veel leden van voorname families uit Utrecht lieten zich in de kapel begraven en het klooster kreeg op die manier veel schenkingen. Na ongeveer honderd jaar was de kloosterkapel te klein. Tussen 1512 en 1516 werd een nieuwe kapel gebouwd, een dubbelkapel. De bovenkapel was bedoeld voor de nonnen, de benedenkapel voor bezoekers.
Na de reformatie liet het stadsbestuur van Utrecht de nonnenkloosters met rust totdat de laatste nonnen waren overleden. Toen kregen de gebouwen een andere bestemming. In 1674 werd het Agnietenklooster ingericht als Stadsambachtskinderhuis, een weeshuis voor arme weeskinderen en weeskinderen zonder burgerrechten. Tegenwoordig is hier het Centraal Museum.
