Het Agnietenklooster is gesticht rond 1420 door begijnen uit het Sint Barbaragasthuis aan de Oudegracht. Het was één van de kloosters die voortkwamen een gemeenschap van vrouwen die zich lieten inspireren door de Moderne Devotie en besloten hun leven te wijden aan God. Het Agnietenklooster was gewijd aan de heilige Agnes, een martelaar uit de derde eeuw na Christus. Een martelaar is iemand die zijn of haar leven heeft geofferd voor God. In de vijftiende eeuw werden door heel Nederland veel nonnenkloosters aan haar gewijd.
Het Agnietenklooster stond op het Nicolaaskerkhof bij het koor van de Nicolaaskerk. Veel leden van voorname families uit Utrecht lieten zich in de kapel begraven en het klooster kreeg op die manier veel schenkingen. Na de reformatie liet het stadsbestuur van Utrecht de nonnenkloosters met rust totdat de laatste nonnen waren overleden. Toen kregen de gebouwen een andere bestemming. In 1674 werd het Agnietenklooster ingericht als Stadsambachtskinderhuis, een weeshuis voor arme weeskinderen en weeskinderen zonder burgerrechten. Tegenwoordig is hier het Centraal Museum.
